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1.丢失空白色增值税发票必须按规定程序向当地主管税务机关申报。纳税人应公布姓名、发票号、字轨号等。已遗失增值税专用发票的纳税人到主管税务机关指定的报刊等媒体，然后填写《发票遗失被盗登记表》，持IC卡到主管税务机关办理电子发票返还或注销手续。
2.丢失的空白色普通发票必须按规定程序向当地主管税务机关申报。丢失普通发票的纳税人必须自行在辖区内地级市的报刊杂志上刊登遗失声明，然后填写《发票遗失被盗登记表》，持IC卡到主管税务机关办理电子发票返还或注销手续。
税务机关可以根据发票管理办法，责令丢失空白色普通发票的纳税人限期改正，并处以1万元以下的罚款。
丢失“已开具增值税专用发票”纳税人丢失增值税发票可分为有证和无证两种情况。
1、发票开出未认证情形处理：(1)丢失发票和扣款。遗失前未认证的，买受人将持相应专票记账联复印件到主管税务机关进行认证。如证明一致，经买方主管税务机关审核同意后，卖方所在地主管税务机关出具的专用票证记账联和《增值税专用发票遗失纳税申报单》复印件可作为增值税进项税额抵扣凭证。
(2)发票联遗失的，可将增值税专用发票抵扣联作为会计凭证，保留增值税专用发票抵扣联复印件备查。
(3)记账单丢失。发票开具后未发出的，开票单位可复印发票联作为记账凭证；如果已经发出，可以用金税卡转载的发票复印件和记账复印件作为记账凭证，主管税务机关可以认证为记账凭证。
(4)遗失所有联次:纳税人在认证前遗失专用票所有联次，按遗失空白色专用发票处理。
2、发票开出已认证情形处理：(1)遗失发票联和抵扣联在遗失前经证明一致的，经买方主管税务机关审核同意后，买方可以使用相应的专票记账联复印件和卖方当地主管税务机关出具的《遗失增值税专用发票纳税申报单》作为增值税进项税额抵扣凭证。
(2)如果免赔额复印件丢失，并且在丢失前已经过认证，发票复印件可以作为日后参考。
(3)如果发票联丢失，抵扣联可作为会计凭证，抵扣联复印件可留存备查。
(4)记账单丢失:发票开具后未发出的，开票公司可将发票单复制为记账凭证；如果已经发出，可以用金税卡转载的发票复印件和记账复印件作为记账凭证，主管税务机关可以认证为记账凭证。
(5)遗失多次合一:纳税人已认证，但发票遗失的，必须按规定程序向当地主管税务机关报告，并登报声明作废。税务机关应当责令丢失发票的纳税人限期改正，可以并处一万元以下的罚款。纳税人从金税卡上再次打印，金税卡经主管税务机关批准，作为会计凭证使用。
丢失“已开具的普通发票”纳税人开具的普通发票丢失，大多是保管不当造成的。未经税务机关批准，发票收单人和开具人提供的复印件、证明等资料不能作为税前扣除凭据。
(一)发票联遗失的，应当在发票遗失当日或者次日(节假日顺延)以书面形式报告主管税务机关，并在主管税务机关指定的报纸和其他媒体上刊登公告，声明作废。丢失发票并申请损失报表的纳税人必须在具有全国报纸编号的报纸上公布。
(2)发票开具方如丢失发票复印件，应重新开具发票，交由对方记录。重新开具发票时，应在备注栏中填写丢失发票的客户名称、发票类型代码和编号、金额和开票单位。发票开具方在记账时应附上遗失发票的其他复印件作为合法入账凭证。
(3)取得发票一方遗失发票复印件的，应取得加盖原开具单位公章的证明，并注明原发票号、金额及内容等。，经经办单位负责人批准后方可作为原始凭证。
(4)纳税人遗失税务机关开具的发票联或发票记账联的，可向开具发票的税务机关申请书面证明，或要求开具发票的税务机关提供遗失发票存根联复印件，经主管税务机关审核后可作为合法凭证入账。
(5)如果存根联或记账联丢失，应取得发票复印件。发票复印件只有在提供原件的单位注明“此复印件由我单位提供，与原件一致”后，才能作为原件使用。
(6)纳税人遗失普通发票全部复印件的，按遗失空白色普通发票处理。